重生之小明在 Linux 当少爷
“嘶嘶嘶”“头好痛啊”
小明在黑暗中张开了双眼,眼前一眼望去皆是漆黑一片,只有一行字符:[xiaoming@debian ~]$
“嘶嘶嘶”“头好痛啊”
小明在黑暗中张开了双眼,眼前一眼望去皆是漆黑一片,只有一行字符:[xiaoming@debian ~]$
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库通过 NGS 测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。
文章题为"Identification and expression pattern analysis of the OsSnRK2 gene family in rice"。该文章发表于 Frontiers in Plant Science(中科院二区,IF=5.6,第一作者:Tongyuan Yu,通讯作者:Dawei Xue)。
之前一直是用 WSL2 来作为开发环境的,博客、数据分析和编程等都在 WSL2 里进行,虽然 WSL2 已经很方便,但是我仍然心里有疙瘩,因为两个原因:Hyper-V 的性能损失和无法自动释放内存/硬盘。
2005 年,Science 杂志在庆祝创刊 125 周年之际发布了 125 个推动基础科学研究的最具挑战性的科学难题。其中向化学领域提出了“为什么生命需要手性?”的灵魂拷问。
昨晚九点半下课跟同学出去玩,刚刚才回来 …
Hi-C 是一种高通量的基因组和表观基因组技术,用于捕获染色质构象。一般来说,Hi-C 被认为是一系列染色体构象捕获技术的衍生物,包括但不限于 3C(染色体构象捕获)、4C(染色体构象捕获-芯片/环状染色体构象捕获)和 5C(染色体构象捕获碳拷贝)。Hi-C 通过结合 3C 和下一代测序(NGS)方法全面检测细胞核中全基因组染色质相互作用,被认为是染色体构象捕获技术(C 技术)发展的质的飞跃,并标志着 3D 基因组学的开端。
文章题为"Interplay between coding and non-coding regulation drives the Arabidopsis seed-to-seedling transition"。该文章发表于 scientific data(中科院一区,IF=16.6,第一作者:Benjamin J. M. Tremblay,通讯作者:Benjamin J. M. Tremblay。
文章题为"Genome-wide identification of accessible chromatin regions by ATAC-seq upon induction of the transcription factor bZIP11 in Arabidopsis"。该文章发表于 scientific data(中科院二区,IF=9.8,第一作者:Alicia M. Hellens,通讯作者:François F. Barbier。
普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合,得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA,并进行建库与测序,以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性,且组织或器官内含有多种不同类型的细胞,采用普通转录组方法进行测序时,这些细胞类型的差异可能会被平均化,从而难以区分。因此,单细胞转录组分析与普通转录组的关键区别在于,它关注的是单个细胞级别的表达情况,而非群体平均值。