RNA Seq 上游分析实践

之前那一篇文章主要讲的是一些知识与工具的用法,这次用六组数据进行分析,得到基因表达矩阵。

挖掘 TFBS 的利器——DAP-Seq

转录因子是能够特异性地与 DNA 上的顺式作用元件相互作用的蛋白质,它们对基因的转录起到激活或抑制的作用。在植物的生长发育和对逆境的应对中,转录因子扮演着关键的调控角色。转录因子结合位点是转录因子在调节基因表达时与其互作的 DNA 片段,通常位于基因的模板链上,并具有 5 到 20 个碱基对的长度。一个转录因子能够同时调控多个基因,尽管这些基因的 TFBS 在序列上保持一定的保守性,但也存在差异。

表观遗传学之 Chip-Seq

染色质免疫沉淀-测序(Chip-sequencing,简称 Chip-seq)用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀(Chip)和高通量 DNA 测序,旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点,从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前,Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。

使用 Linux 三年以来的感受

转眼间已经是三年过去了,想想 2021 年刚刚来大学,迫不及待地就用了 Linux,当时什么也不懂,什么也不会,可以说是四处碰壁吧,一路跌跌撞撞到现在,算是入门了!

专题:RNA-Seq 上游分析学习

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和,包括 mRNA 和非编码 RNA,相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更准确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具,基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。

Arch 更换内核

今天看到 Wiki 上说 linux-zen 内核是最适合日常使用的内核,于是乎,便一试,结果内核驱动识别不到显示器 … 只能又换回原版内核。

Arch 安装记录

最近微信出新版的原生 Linux 客户端了,加上为了 aur 和 wiki,装上了 ArchLinux。

Ubuntu 安装一系列 R 包

Ubuntu 安装 R 包的时候总会有一堆的错误,无非就是缺少一些库,使得 R 包或者 R 包依赖的 R 包安装不上,补上库和 R 包就可以了。