HMMER

由于数据库之间的差异，使用 NCBI CDD Search 搜索结构域有时候并不能满足我们的需要，比如我们通常使用 HMMER 来鉴定同一家族的基因并且需要进行结构域可视化，但 HMMER 所使用的数据都来自 pfam，它的数据库可能与 NCBI 的不同，因此而造成结果上的差异，有的时候这种情况会影响我们后面的研究，于是，使用 hmmer 网页工具 来进行结构域分析可能会更好。

pfam 数据库更新了，原有的下载 hmm 模型与种子文件的方法需要进行一些改变。

使用 HMMER 查找同源基因比 blast 更加准确，速度也更快，但使用方法很少有文章讲清楚，本文记录我使用 HMMER 的操作。