TBtools

植物基因组蛋白质序列的制备

一般情况下,植物基因组 DNA 序列及注释文件可以在 ensembl 网站直接下载到,但蛋白质序列貌似不是很好下载,各处下载的序列文件格式、ID 等都有很大的不同,NCBI 上的也比较杂乱,所以还是自己翻译为好,这里依旧使用 TBtools。

TBtools 快速完成基因功能注释

基因功能注释质量好坏取决于数据库质量高低,是否全面。于是,本地化进行基因功能注释,需要收集尽可能多的数据库(这个其实很不实际),也需要有较好的计算资源。通过使用网页服务工具,可以克服这个问题。我们可以一直使用最新最全的数据库,同时不需要消耗本地计算资源。

TBtools 制作基因表达热图详解

使用 TBtools 制作基因表达热图实在是方便,美化起来也很简单,本文以水稻的一组基因为例,讲述基因表达数据的获取、处理并使用 TBtools 出图。

专题:基因家族鉴定

完整的基因家族鉴定流程,包含基因家族鉴定和基因家族的性质分析、基因分析、进化分析等。

物种内共线性分析

共线性分析可以用 MCScanX 软件进行分析,但是这个软件的官网已经 404 了,而且利用命令行来进行分析比较麻烦,这里建议大家使用 TBtools 上的工具,这个软件里面集成了共线性分析的相关插件,并可以进行可视化操作,分析起来很方便。

顺式作用元件分析

顺式作用元件 (cis-acting element) 存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。

顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等,它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质,仅仅提供一个作用位点,要与反式作用因子相互作用而起作用。