TBtools

文章题为"Identification and expression pattern analysis of the OsSnRK2 gene family in rice"。该文章发表于 Frontiers in Plant Science（中科院二区，IF=5.6，第一作者：Tongyuan Yu，通讯作者：Dawei Xue）。

一般情况下，植物基因组 DNA 序列及注释文件可以在 ensembl 网站直接下载到，但蛋白质序列貌似不是很好下载，各处下载的序列文件格式、ID 等都有很大的不同，NCBI 上的也比较杂乱，所以还是自己翻译为好，这里依旧使用 TBtools。

基因功能注释质量好坏取决于数据库质量高低，是否全面。于是，本地化进行基因功能注释，需要收集尽可能多的数据库（这个其实很不实际），也需要有较好的计算资源。通过使用网页服务工具，可以克服这个问题。我们可以一直使用最新最全的数据库，同时不需要消耗本地计算资源。

使用 TBtools 制作基因表达热图实在是方便，美化起来也很简单，本文以水稻的一组基因为例，讲述基因表达数据的获取、处理并使用 TBtools 出图。

完整的基因家族鉴定流程，包含基因家族鉴定和基因家族的性质分析、基因分析、进化分析等。

共线性分析可以用 MCScanX 软件进行分析，但是这个软件的官网已经 404 了，而且利用命令行来进行分析比较麻烦，这里建议大家使用 TBtools 上的工具，这个软件里面集成了共线性分析的相关插件，并可以进行可视化操作，分析起来很方便。

顺式作用元件 (cis-acting element) 存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。

顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。