Molecular dynamics

近期做了一次分子动力学模拟实验，命令比较多，整理一下步骤，参考了生信实战的教程，但他们的教程存在很多问题，这里完善一下。

以江苏大学一位师兄提供的蛋白文件为基础，前提是要去除小分子，否则 gromacs 会报错提示有非标准残基。

前不久，一位江苏大学的师兄请我帮忙做 gromacs 分子动力学模拟，他们找公司测得了酶的 pdb 蛋白结构，想喊我帮忙做 MD 模拟预测柔性位点，便于后期进行改造。研究了几天，还是失败了。