Genomics

ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序（NGS）文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上，该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序，并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。

Hi-C 是一种高通量的基因组和表观基因组技术，用于捕获染色质构象。一般来说，Hi-C 被认为是一系列染色体构象捕获技术的衍生物，包括但不限于 3C（染色体构象捕获）、4C（染色体构象捕获-芯片/环状染色体构象捕获）和 5C（染色体构象捕获碳拷贝）。Hi-C 通过结合 3C 和下一代测序（NGS）方法全面检测细胞核中全基因组染色质相互作用，被认为是染色体构象捕获技术（C 技术）发展的质的飞跃，并标志着 3D 基因组学的开端。

文章题为"Interplay between coding and non-coding regulation drives the Arabidopsis seed-to-seedling transition"。该文章发表于 scientific data（中科院一区，IF=16.6，第一作者：Benjamin J. M. Tremblay，通讯作者：Benjamin J. M. Tremblay。

文章题为"Genome-wide identification of accessible chromatin regions by ATAC-seq upon induction of the transcription factor bZIP11 in Arabidopsis"。该文章发表于 scientific data（中科院二区，IF=9.8，第一作者：Alicia M. Hellens，通讯作者：François F. Barbier。

Abstract

普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合，得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA，并进行建库与测序，以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性，且组织或器官内含有多种不同类型的细胞，采用普通转录组方法进行测序时，这些细胞类型的差异可能会被平均化，从而难以区分。因此，单细胞转录组分析与普通转录组的关键区别在于，它关注的是单个细胞级别的表达情况，而非群体平均值。

在说 WGBS 之前，先来说说 DNA 甲基化。DNA 甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的 DNA 甲基化是指 DNA 序列上特定的碱基，在 DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以 S-腺苷甲硫氨酸（S-adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。这种 DNA 甲基化修饰可以发生在胞嘧啶的 C-5 位、腺嘌呤的 N-6 位以及鸟嘌呤的 G-7 位等位点。

文章题为"A phosphate starvation response-regulated receptor-like kinase, OsADK1, is required for mycorrhizal symbiosis and phosphate starvation responses"。该文章发表于 New Phytologist（中科院一区，IF=9.3，第一作者：Jincai Shi，通讯作者：Ertao Wang）。

本周推荐的文章为 03 月 22 日黄进课题组每周的文献分享组会上，由焦元（2021 级环境科学与工程专业本科生）分享的题为“Integrated ATAC-Seq and RNA-Seq Data Analysis to Reveal OsbZIP14 Function in Rice in Response to Heat Stress”的文章。该文章发表于 International Journal of Molecular Sciences（中科院二区，IF=5.6，第一作者：Fuxiang Qiu，通讯作者：Huaqin He）。

之前那一篇文章主要讲的是一些知识与工具的用法，这次用六组数据进行分析，得到基因表达矩阵。

转录因子是能够特异性地与 DNA 上的顺式作用元件相互作用的蛋白质，它们对基因的转录起到激活或抑制的作用。在植物的生长发育和对逆境的应对中，转录因子扮演着关键的调控角色。转录因子结合位点是转录因子在调节基因表达时与其互作的 DNA 片段，通常位于基因的模板链上，并具有 5 到 20 个碱基对的长度。一个转录因子能够同时调控多个基因，尽管这些基因的 TFBS 在序列上保持一定的保守性，但也存在差异。