Genomics

Hi-C—前沿技术带你走进 DNA 的三维空间

Hi-C 是一种高通量的基因组和表观基因组技术,用于捕获染色质构象。一般来说,Hi-C 被认为是一系列染色体构象捕获技术的衍生物,包括但不限于 3C(染色体构象捕获)、4C(染色体构象捕获-芯片/环状染色体构象捕获)和 5C(染色体构象捕获碳拷贝)。Hi-C 通过结合 3C 和下一代测序(NGS)方法全面检测细胞核中全基因组染色质相互作用,被认为是染色体构象捕获技术(C 技术)发展的质的飞跃,并标志着 3D 基因组学的开端。

单细胞转录组技术综述

Abstract

普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合,得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA,并进行建库与测序,以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性,且组织或器官内含有多种不同类型的细胞,采用普通转录组方法进行测序时,这些细胞类型的差异可能会被平均化,从而难以区分。因此,单细胞转录组分析与普通转录组的关键区别在于,它关注的是单个细胞级别的表达情况,而非群体平均值。

表观遗传学之 WGBS

在说 WGBS 之前,先来说说 DNA 甲基化。DNA 甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的 DNA 甲基化是指 DNA 序列上特定的碱基,在 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)的催化作用下,以 S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine,SAM)作为甲基供体,通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。这种 DNA 甲基化修饰可以发生在胞嘧啶的 C-5 位、腺嘌呤的 N-6 位以及鸟嘌呤的 G-7 位等位点。

文献分享|整合 ATAC Seq 和 RNA Seq 数据分析揭示水稻中 OsbZIP14 响应热应激的功能

本周推荐的文章为 03 月 22 日黄进课题组每周的文献分享组会上,由焦元(2021 级环境科学与工程专业本科生)分享的题为“Integrated ATAC-Seq and RNA-Seq Data Analysis to Reveal OsbZIP14 Function in Rice in Response to Heat Stress”的文章。该文章发表于 International Journal of Molecular Sciences(中科院二区,IF=5.6,第一作者:Fuxiang Qiu,通讯作者:Huaqin He)。

RNA Seq 上游分析实践

之前那一篇文章主要讲的是一些知识与工具的用法,这次用六组数据进行分析,得到基因表达矩阵。

挖掘 TFBS 的利器——DAP-Seq

转录因子是能够特异性地与 DNA 上的顺式作用元件相互作用的蛋白质,它们对基因的转录起到激活或抑制的作用。在植物的生长发育和对逆境的应对中,转录因子扮演着关键的调控角色。转录因子结合位点是转录因子在调节基因表达时与其互作的 DNA 片段,通常位于基因的模板链上,并具有 5 到 20 个碱基对的长度。一个转录因子能够同时调控多个基因,尽管这些基因的 TFBS 在序列上保持一定的保守性,但也存在差异。

表观遗传学之 Chip-Seq

染色质免疫沉淀-测序(Chip-sequencing,简称 Chip-seq)用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀(Chip)和高通量 DNA 测序,旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点,从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前,Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。