月末成都散心

借着导游证面试的机会,在成都呆了三天,算是散散心吧,前段时间一直很压抑,也总是心神不宁的,到成都与一位老同学一起玩了两天(朋友第二天才来),释放一下压力。

奋斗还是躺平?

今天我嫂子给我发来一段视频,是我父亲喝醉后说的话(父母冬天和我哥一家住在一起),思绪不禁飘向那遥远的北方 …

今天去了四川大学

周五早上要考导游证面试,我想着 … 能考过的几率不大(实在没时间准备),于是转变思想,反正也要来趟成都,不如去玩一玩,说走就走,昨天考完就收拾东西,今天就来了~

谈谈一些日常

不知道什么时候起,越来越反感墙内的社交网站了,当然,墙外的我上的也不多,但总体感觉上就是氛围和体验要比墙内的好一些。

DESeq2 差异表达分析

还是之前拿到的转录组数据,只有表达量矩阵是不行的,作为 RNA-seq 下游分析重要的一步,差异表达分析将不同处理下的基因表达数据同对照组做统计分析,筛选出具有显著表达变化的基因集,这一步对后面的研究是很有必要的。

Linux 下 R 使用新罗马字体

今天使用 R 绘制热图,由于我的 R 是在 Debian 下的,默认是没有新罗马字体的,而我们平时作图的时候喜欢用新罗马字体,于是就需要自己安装然后使用。

基因命名思路

最近在做黑麦草基因的项目,要对一个基因家族进行命名,与一些老师讨论后有了一个大致的思路。

Arch 清除缓存及无用包

使用 Arch 时间长了,难免会产生一些无用包或者缓存,记录一些清理相关垃圾命令。

Gromacs 分子动力学模拟

近期做了一次分子动力学模拟实验,命令比较多,整理一下步骤,参考了生信实战的教程,但他们的教程存在很多问题,这里完善一下。

以江苏大学一位师兄提供的蛋白文件为基础,前提是要去除小分子,否则 gromacs 会报错提示有非标准残基。

对人类基因进行 GO 富集分析

最近有一位师兄找我帮忙写一些 R 语言代码,实际上我也不怎么会,网上「借鉴」一些,自己改一些,达到目的似乎也就可以了。但是日后可能要经常和 R 语言打交道,所以还是研究清楚一些比较好。本文说说对人类基因进行注释并做 GO 富集分析。