揭示生命起源之谜|为什么蛋白质都是“左撇子”?

2005 年,Science 杂志在庆祝创刊 125 周年之际发布了 125 个推动基础科学研究的最具挑战性的科学难题。其中向化学领域提出了“为什么生命需要手性?”的灵魂拷问。生命的手性起源以及生命演化为什么偏爱单一的手性是探寻生命起源奥秘的两大谜题。生命的核心存在一种偏向,它的起源至今仍是谜。今天,几乎所有构成蛋白质的氨基酸都以镜像形式存在,就像左手手套和右手手套一样。尽管在地球早期这两种形式应该同样丰富,并且可以很容易地在实验室内制造,但生命只选择使用左旋氨基酸。在孕育生命的原始汤假说中,一定有什么因素打破了平衡,使其偏向左旋,并从那时起保持这种形式。

暴风雨夜的思考

昨晚九点半下课跟同学出去玩,刚刚才回来 …

本以为玩一小时,路上来去半小时足以赶回学校,但是事实证明是我天真了,昨晚宜宾的倾盆大雨实在骇人,简直比我洗澡时候的水还大,让人寸步难行。

Hi-C—前沿技术带你走进 DNA 的三维空间

Hi-C 是一种高通量的基因组和表观基因组技术,用于捕获染色质构象。一般来说,Hi-C 被认为是一系列染色体构象捕获技术的衍生物,包括但不限于 3C(染色体构象捕获)、4C(染色体构象捕获-芯片/环状染色体构象捕获)和 5C(染色体构象捕获碳拷贝)。Hi-C 通过结合 3C 和下一代测序(NGS)方法全面检测细胞核中全基因组染色质相互作用,被认为是染色体构象捕获技术(C 技术)发展的质的飞跃,并标志着 3D 基因组学的开端。

单细胞转录组技术综述

Abstract

普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合,得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA,并进行建库与测序,以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性,且组织或器官内含有多种不同类型的细胞,采用普通转录组方法进行测序时,这些细胞类型的差异可能会被平均化,从而难以区分。因此,单细胞转录组分析与普通转录组的关键区别在于,它关注的是单个细胞级别的表达情况,而非群体平均值。

表观遗传学之 WGBS

在说 WGBS 之前,先来说说 DNA 甲基化。DNA 甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的 DNA 甲基化是指 DNA 序列上特定的碱基,在 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)的催化作用下,以 S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine,SAM)作为甲基供体,通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。这种 DNA 甲基化修饰可以发生在胞嘧啶的 C-5 位、腺嘌呤的 N-6 位以及鸟嘌呤的 G-7 位等位点。

C++解汉诺塔递归算法

汉诺塔(又称河内塔)问题是源于印度一个古老传说的益智玩具。大梵天创造世界的时候做了三根金刚石柱子,在一根柱子上从下往上按照大小顺序摞着 64 片黄金圆盘。大梵天命令婆罗门把圆盘从下面开始按大小顺序重新摆放在另一根柱子上。并且规定,在小圆盘上不能放大圆盘,在三根柱子之间一次只能移动一个圆盘。

文献分享|整合 ATAC Seq 和 RNA Seq 数据分析揭示水稻中 OsbZIP14 响应热应激的功能

本周推荐的文章为 03 月 22 日黄进课题组每周的文献分享组会上,由焦元(2021 级环境科学与工程专业本科生)分享的题为“Integrated ATAC-Seq and RNA-Seq Data Analysis to Reveal OsbZIP14 Function in Rice in Response to Heat Stress”的文章。该文章发表于 International Journal of Molecular Sciences(中科院二区,IF=5.6,第一作者:Fuxiang Qiu,通讯作者:Huaqin He)。