突然发现博客已经一年多了

今天在 V2 上看到 Randy 的 帖子,好奇之余,去看了下这位大佬的 GitHub,突然发现了之前使用过的一个评论系统 cusdis,这才突然反应过来,这个博客已经是一年多了,没想到时间过的这么快,近期忙于课程与复习,都忘了这一茬了。

ATAC-Seq 分析流程

ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。

点点点!TBtools 完成论文复现

文章题为"Identification and expression pattern analysis of the OsSnRK2 gene family in rice"。该文章发表于 Frontiers in Plant Science(中科院二区,IF=5.6,第一作者:Tongyuan Yu,通讯作者:Dawei Xue)。

抛弃 WSL2 使用 scoop 搭建开发环境

之前一直是用 WSL2 来作为开发环境的,博客、数据分析和编程等都在 WSL2 里进行,虽然 WSL2 已经很方便,但是我仍然心里有疙瘩,因为两个原因:Hyper-V 的性能损失和无法自动释放内存/硬盘。

揭示生命起源之谜|为什么蛋白质都是“左撇子”?

2005 年,Science 杂志在庆祝创刊 125 周年之际发布了 125 个推动基础科学研究的最具挑战性的科学难题。其中向化学领域提出了“为什么生命需要手性?”的灵魂拷问。生命的手性起源以及生命演化为什么偏爱单一的手性是探寻生命起源奥秘的两大谜题。生命的核心存在一种偏向,它的起源至今仍是谜。今天,几乎所有构成蛋白质的氨基酸都以镜像形式存在,就像左手手套和右手手套一样。尽管在地球早期这两种形式应该同样丰富,并且可以很容易地在实验室内制造,但生命只选择使用左旋氨基酸。在孕育生命的原始汤假说中,一定有什么因素打破了平衡,使其偏向左旋,并从那时起保持这种形式。

暴风雨夜的思考

昨晚九点半下课跟同学出去玩,刚刚才回来 …

本以为玩一小时,路上来去半小时足以赶回学校,但是事实证明是我天真了,昨晚宜宾的倾盆大雨实在骇人,简直比我洗澡时候的水还大,让人寸步难行。

Hi-C—前沿技术带你走进 DNA 的三维空间

Hi-C 是一种高通量的基因组和表观基因组技术,用于捕获染色质构象。一般来说,Hi-C 被认为是一系列染色体构象捕获技术的衍生物,包括但不限于 3C(染色体构象捕获)、4C(染色体构象捕获-芯片/环状染色体构象捕获)和 5C(染色体构象捕获碳拷贝)。Hi-C 通过结合 3C 和下一代测序(NGS)方法全面检测细胞核中全基因组染色质相互作用,被认为是染色体构象捕获技术(C 技术)发展的质的飞跃,并标志着 3D 基因组学的开端。