Abstract

普通转录组方法可类比于将一群细胞或一个器官的 RNA 提取混合，得到的是这些细胞平均的 RNA 表达量。而单细胞转录组研究则将每个细胞独立分离提取 RNA，并进行建库与测序，以此获得单个细胞特有的表达值。由于细胞内基因表达存在随机性与异质性，且组织或器官内含有多种不同类型的细胞，采用普通转录组方法进行测序时，这些细胞类型的差异可能会被平均化，从而难以区分。因此，单细胞转录组分析与普通转录组的关键区别在于，它关注的是单个细胞级别的表达情况，而非群体平均值。

在说 WGBS 之前，先来说说 DNA 甲基化。DNA 甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的 DNA 甲基化是指 DNA 序列上特定的碱基，在 DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以 S-腺苷甲硫氨酸（S-adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。这种 DNA 甲基化修饰可以发生在胞嘧啶的 C-5 位、腺嘌呤的 N-6 位以及鸟嘌呤的 G-7 位等位点。

文章题为"A phosphate starvation response-regulated receptor-like kinase, OsADK1, is required for mycorrhizal symbiosis and phosphate starvation responses"。该文章发表于 New Phytologist（中科院一区，IF=9.3，第一作者：Jincai Shi，通讯作者：Ertao Wang）。

汉诺塔（又称河内塔）问题是源于印度一个古老传说的益智玩具。大梵天创造世界的时候做了三根金刚石柱子，在一根柱子上从下往上按照大小顺序摞着 64 片黄金圆盘。大梵天命令婆罗门把圆盘从下面开始按大小顺序重新摆放在另一根柱子上。并且规定，在小圆盘上不能放大圆盘，在三根柱子之间一次只能移动一个圆盘。

本周推荐的文章为 03 月 22 日黄进课题组每周的文献分享组会上，由焦元（2021 级环境科学与工程专业本科生）分享的题为“Integrated ATAC-Seq and RNA-Seq Data Analysis to Reveal OsbZIP14 Function in Rice in Response to Heat Stress”的文章。该文章发表于 International Journal of Molecular Sciences（中科院二区，IF=5.6，第一作者：Fuxiang Qiu，通讯作者：Huaqin He）。

之前那一篇文章主要讲的是一些知识与工具的用法，这次用六组数据进行分析，得到基因表达矩阵。

转录因子是能够特异性地与 DNA 上的顺式作用元件相互作用的蛋白质，它们对基因的转录起到激活或抑制的作用。在植物的生长发育和对逆境的应对中，转录因子扮演着关键的调控角色。转录因子结合位点是转录因子在调节基因表达时与其互作的 DNA 片段，通常位于基因的模板链上，并具有 5 到 20 个碱基对的长度。一个转录因子能够同时调控多个基因，尽管这些基因的 TFBS 在序列上保持一定的保守性，但也存在差异。

染色质免疫沉淀-测序（Chip-sequencing，简称 Chip-seq）用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀（Chip）和高通量 DNA 测序，旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点，从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前，Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。

转眼间已经是三年过去了，想想 2021 年刚刚来大学，迫不及待地就用了 Linux，当时什么也不懂，什么也不会，可以说是四处碰壁吧，一路跌跌撞撞到现在，算是入门了！

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和，包括 mRNA 和非编码 RNA，相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更准确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具，基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息，从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。