JiaoYuan's Blog

WSL 搭建生信分析环境

在做生信分析的时候,很多情况下都会用到 Linux 环境,而大多数人的电脑都是 Windows 环境,目前 Windows 下使用 Linux 最主流的两种方法就是服务器和虚拟机,但服务器的价格比较高,并且在文件传输等方面不太方便;虚拟机对电脑的要求比较高,并且占用也很大、启动时间长且配置较为麻烦,现如今,在 Windows 上已经有 WSL 了,使用它做生信分析极大地提高了效率,避免了很多问题。

WSL 的优点

WSL 的缺点

WSL 的安装

参考我的文章 Windows10 & 11 安装 WSL2

WSL 的配置

此处默认以 Debian 系为例,我使用的是 Debian11

换源

直接参考各大开源软件镜像站的文档即可,推荐中科大的,一行命令即可换源

常用软件的安装

下载器

sudo apt-get install wget curl

Git

sudo apt-get install git

conda

参考文章 Linux 下安装 conda

oh-my-zsh

更加美观、便捷的终端,使用清华镜像安装(需要先安装 Git)

git clone https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/ohmyzsh.git
cd ohmyzsh/tools
REMOTE=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/ohmyzsh.git sh install.sh

Nodejs

Debian 系发行版自带的 Nodjes 版本较低,使用 NodeSource 维护的 PPA 安装指定版本的 Nodejs(需要先安装 curl),修改版本号即可

curl -fsSL https://deb.nodesource.com/setup_18.x | sudo -E bash -
sudo apt-get update
sudo apt-get install nodejs

Neofetch

系统信息查看工具

sudo apt-get install neofetch

输入 neofetch 即可查看系统版本、CPU、内存等信息

其他

Linux 下安装 BUSCO

连接 VScode

安装最新版的 Vscode,然后在 VScode 的插件商店搜索并安装名为 WSL 的插件

插件安装完成后在 WSL2 的终端中输入code .,等待下载相关文件后 VScode 便会自动打开,后面直接打开 VScode 就会自动启动 WSL2

使用 Git 的 openssh

由于 Windows 自带的 openssh 版本较低,可能会导致 WSL 与 VScode 断开连接,所以我们使用最新版 Git 的 openssh

先使用 淘宝镜像 下载安装最新版的 Git

在 Windows 系统的开始菜单搜索编辑系统环境变量,以此点击环境变量——系统环境变量里的Path——编辑——新建

将 Git 路径下的usr\bin添加进去,例如我的 Git 安装在默认路径,这里就写C:\Program Files\Git\usr\bin

然后点击上移,将刚刚添加的 Git 的路径移动到%SYSTEMROOT%\System32\OpenSSH\之上,代表优先使用 Git 的 openssh

最后打开 powershell 或 cmd,输入下列命令关闭 WSL2,再次启动 WSL2 即可

wsl --shutdown

限制 WSL2 的内存

进入 wsl,输入下列命令建立 .wslconfig 文件

vi "$(wslpath "C:\Users\YourUsername\.wslconfig")"

把 yourUsername 换成自己的 Windows 用户名

然后输入下列内容

[wsl2]
memory=1GB 
processors=1
swap=1GB

这些内容分别指定了 WSL2 实例的最大内存为 1GB、占用核心为 1 核心和交换分区为 1GB

保存后打开 power shell,输入 wsl –shutdown 关闭 wsl,再重新进入即可

扩展使用

在指定目录打开终端

默认情况下,VScode 中终端会在用户根目录下打开,即~目录,但~下有很多软件和系统的配置文件等,会影响我们的视野,我采用的方法是在根目录下建立一个work目录,然后 cd 到该目录,再输入code .打开 VScode,这样每次打开终端都会再work目录下打开,将所需要的文件放进去,会方便很多

在 Windows 下查看 Linux 下文件

在终端中输入

explorer.exe .

就会在当前目录打开 Windows 的文件资源管理器,但很多文件无法在 Windows 下直接编辑,没有权限,建议还是使用 VScode 编辑文件

WSL 直接访问 Windows 下的文件

Windows 下的各个盘全部默认挂载在 WSL/目录下的/mnt目录中,例如 C 盘的路径为/mnt/c,这样我们就可以直接在 WSL 中访问 Windows 下的文件,但需要注意的是,WSL 为 Linux 系统,与 Windows 系统的文件系统不同,例如 Linux 下的文件及文件夹名称大小写不同,不能包含空格,所以这里使用的时候需要注意

git clone 后没有权限

输入下列命令将克隆的文件与文件夹的所有者改为指定用户

sudo chown -R username ~/work/xxxx

WSL 的备份与导入

导出 WSL

wsl --export <Distribution Name> <FileName>

导入 WSL

wsl --import <Distribution Name> <InstallLocation> <FileName>

将指定 tar 文件导入和导出为新的发行版 选项包括:

–vhd:指定导入/导出发行版应为 .vhdx 文件,而不是 tar 文件 –version:(仅导入)指定将发行版导入为 WSL 1 还是 WSL 2 发行版

WSL 的卸载

wsl --unregister <DistributionName>

参考资料

使用 WSL 在 Windows 上安装 Linux

WSL 的基本命令