JiaoYuan's Blog
基因功能注释质量好坏取决于数据库质量高低，是否全面。于是，本地化进行基因功能注释，需要收集尽可能多的数据库（这个其实很不实际），也需要有较好的计算资源。通过使用网页服务工具，可以克服这个问题。我们可以一直使用最新最全的数据库，同时不需要消耗本地计算资源。
eggNOG-mapper 大名鼎鼎，是一款非常全面，高效，准确，且一直在更新的软件，对应的，该团队提供了网页接口，任何人可以提交蛋白序列文件，在极短的时间内（一般几分钟）完成基因功能注释，包括：具体功能描述信息、Gene Onotoloy 注释信息、KEGG 注释信息、PFAM 注释信息以及其他…
eggNOG-mapper 注释
打开 eggNOG-mapper 主页 上传序列文件并输入邮箱，参数一般就使用默认即可，一般使用蛋白质序列
随后就可以看到右键提示
点击 Click to manage your job，启动工作
任务完成后，点击 Access your job files here 查看文件
只需要下载 out.emapper.annotations 这个文件
可以用 Excel 打开文件查看信息
结果很全面，只是还是不能满足我们的需求
eggNOG-mapper Helper
接下来我们便使用 TBtools 的 eggNOG-mapper Helper 插件来整理结果
很快就能完成，完成后就可以查看整理好的信息
输出文件中，大家可能最关注的有四个：
- out.emapper.annotations.description.txt，对应的功能文本描述
- out.emapper.annotations.GO.txt，对应的是 GO 注释结果，可直接用于 TBtools GO 富集分析，当注释背景文件
- out.emapper.annotations.KEGG_Knum.txt，对应的是 KEGG 注释结果，可直接用于 TBtools KEGG 富集分析，当背景注释文件
- out.emapper.annotations.pfam.domain.txt，对应的是 PFAM 结构域注释，注意，这个注释结果是定性的，即有无某结构域，如果一个序列有多个相同结构域，只会显示一个