苦逼打工人返工了
本来此文是在敦煌返回成都的列车上写的，但是回成都后一系列事情搞得人身心俱疲，所以一直在拖，今天下午六点睡到九点多，想着把这些拖延的事情收个尾。
流水账
考完研后在学校里无聊了十多天，这段日子的反差感是真的大，每天都要跟室友说几句"好无聊啊，已经不知道玩什么了"，考研之前总在想着考完后要做点什么什么，真正考完后倒没什么很想做的事了。每天就是玩手机玩电脑一直循环，接了农科院师兄的一些分析，也基本每天就写好脚本挂在集群上面跑。后面考完试就到成都开始进行毕业论文相关的事，我做的是机器学习，湿实验跟着师兄一早上就过了一遍，随后便是一些数据的下载、处理与分析，师兄带着我跑了一遍随机森林，我自己又跑了一遍 Xgboost，主体的部分就差不多了，后续无非就是多跑几种算法，再进行一下结果分析之类的。也临近去科伦实习的日子了，提着我的行李箱又慢悠悠晃到温江，办了入职。我属于转化医学中心，转化科学部，生物信息组，我的直属领导是一位南方医科大学的博士，我的主要工作内容就是使用 Vue 和 flask 开发一个 Web 应用，对接 alphafold3 等一系列生物的大模型，使得用户能够通过简单的 GUI 界面体检模拟与分析任务，算是全栈开发吧。
在此之前我是没有接触过这么大型的项目的，甚至 Vue 都没有用过，只能自己现在公司发的电脑上部署开发环境，自己先试着开了个小的项目，搞清楚 Vue 与 flask 之间的路由关系，随后便风风火火的开干了，得益于 AI 的加持，进度还算不错，目前主要开发的 alphafold3 功能已经趋近于完善，又开发了任务管理系统、用户系统、通知系统、错误反馈等模块。就是公司的堡垒机只能用网页 rdp，22 和 443 端口都被封了，不太方便，再就是公司发的笔记本性能太差，本地调试比较慢。
过年回家的前一天，我用京东国补买了一加 ace5，其他都好说，自带的 color OS15 实在一言难尽啊，自带的 shit 实在不少，初六那天找了 xda 的教程，解了 bl 刷成了国际版的氧 OS，自带谷歌全家桶，纯净无广告，实在安逸啊，不禁让人感叹，吃了这么多年粗粮，终于吃上细糠了。..，再用 adb 删掉没用的软件，终于是达到了理想的安卓状态，目前只发现自带相机 app 有经常性卡死的现象，其他没什么问题。
过年在家的日子实在是平常，每天就是睡到自然醒后，吃完饭就去玩，这些年已经不是很喜欢去走亲戚了，因为基本上和大人们没什么话题，基本上就是吃完饭就坐在那玩手机了，所以走亲戚能不去我就不去。然后就是和各种朋友聚餐、喝酒、打球，不得不说，是不是年龄大了，压根喝不动，喝几杯就难受，不过跟朋友在一起的日子还真是开心，大家一起聊聊天，吹吹牛，时间就过去了。
当然，也少不了带娃，许久不见，小伙子长高了很多，不过还是一样的黏我，成天缠着我跟他玩。
关于 AI
因为目前工作本身做的就是 AI 相关的，所以对 AI 还算比较关注，deepseek 凭借极强的推理能力，在过年这几天火速出圈，实际上我从几个月前就在用，包括实习期间辅助写代码也是用它，起初并没有感觉有什么很突出的，直到后面 ds 服务器一直繁忙，我就继续用 GPT，结果发现 GPT4 的推理能力确实不如 ds，很多问题都回答不上来，而 deepseek 的推理能力是真的强，很多问题都能回答上来，而且回答的还很详细，不过服务器繁忙的问题还是很恼人心态。有些代码 GPT 一直改不好，而用 ds 一下就改好了，不得不感叹，深度求索这确实强啊。回公司后，领导也让博士部署了本地模型，公司内部越来越多人用，每天都有很多人与博士交流相关的问题。不过国产嘛，总要有点特色，据油管的部分博主测试，在询问一些特殊的问题时，只要出现部分关键词，ds 会直接给出"官方回答"，不过也有博主已经发现了"越狱"的教程，可以绕过官方的限制，使用一些特殊的方法来使用 ds，由于我没有这个硬件条件，也就没有试过了。据一些小道消息，说 OPENAI 目前的 AI 不必 ds 差，只不过是在挤牙膏，一点点放出来，ds 这一下把 OPENAI 逼急了，可能过不了多久就要放大招了。
生物大模型相关的目前了解的不多，目前主要还是在开发 alphafold3 的 Web 应用，后续会接触到一些模型开发工作，届时再去慢慢了解吧。
最近用了 cursor，给我的第一感觉就是，惊艳，实在是太强了，原生的交互比 VS 上那些所谓的代码扩展好了太多太多，当然，每个月 20 美元对我来说还是不便宜，于是就只能用临时邮箱+刷机器码插件，无限续杯免费版。不过我已经跟博士申请了，由公司订阅，估计这两天也就下来了。
关于开发
目前关于公司 web 平台的工作基本走上正轨了，很多模块都开发的差不多了，只不过对于 alphafold3 的部分 API 我还不是很清楚，后续慢慢也就解决了。
使用了 cursor 后，我就想着自己开发点小东西玩玩。最先开发的是一个 web 的 RSS 阅读器，纯前端实现，使用 GitHub actions 运行 python 程序更新源，然后评论和收藏功能就跳转到 GitHub 新建 issues，我是很喜欢 hackernews 的那种模式的，评论与文章本身是分开的，评论中有很多有价值的信息，于是我就效仿了这个模式，也恰好解决了没有后端无法实现评论和收藏的问题。最后发布到 v2ex 和 Linux Do，收到了一点反馈，我也进行了修改。今天睡醒之后又加了已阅读的功能，算是比较完善了，不过纯前端实现嘛，数据都在浏览器本地咯。
在某天完善 alphafold3 模拟结果可视化的时候，我突然想起前两天师姐让我帮忙看几个 cif 文件的结构图，她没有 pymol，就让我看看，想到这里，我就根据科伦平台上的一些实现，重写了一个可视化工具，HTML/CSS/JS 实现，纯前端，把代码下载下来点开 index.html 就能用。发给师姐后，我又想着，只有这一个功能不行哦，反正还有时间，于是我就又开发了一个简单的 alphafold3 模拟结果可视化，后续这两天又加了很多功能，成为了一个生信数据可视化工具箱。全部基于前端实现，无后端，数据全部在本地，GitHub pages 部署，简单又好用，我还找了一个师兄和一个师姐，共同进行开发，也发到生信群里，收到不少反馈意见，后续也继续进行迭代，也算做了一点好事吧，哈哈哈。
后续开发计划如下：
- 为生信工具箱补齐功能，并且接入 ds 和 GTP 的 api，对进化树可视化的功能进行完善，每次做进化树我都头疼，实在有点麻烦
- S3 图床，目前没有找到我满意的，只能说，自己动手丰衣足食，写一个 web 端，然后写一个配置文件，随时用随时导入，再加上一些我需要的功能，CF R2 还没有很好的管理页面，也正好可以一起实现
- 将部分给科伦 web 平台写的后端 Python 代码做成 pip 包，这也是博士要我做的一件事
- 对 scoop 进行优化完善，每次更新应用的时候，如果应用在运行，更新就会被打断，很难受，还有其他一些细节
- 开发一个自己的 scoop bucket，这个想法之前老早就有了，现在的 scoop 没有生物学软件，像 tbtools、mega、blast 等，用 scoop 装的话将会方便很多
关于我
考研期间，大半年没怎么运动，导致体型走样，身体素质变差，到温江开始实习后，晚上有时间都会去跑步，绕着前面的一片园区跑一圈，大约 40 分钟，五六公里的样子，感觉身体素质慢慢走回了正规，不过体重还是没有下来，后面打算狠狠心，调整一下饮食，争取再瘦 10 斤。可能也是习惯了这边的生活，现在感觉每天都有事情要做，也不会经常去想一些有的没的，正如 CS 里 CT 阵营的一句台词所说：“丢掉幻想，准备战斗”。也做了好几次梦，梦到我的考研成绩，时好时坏，现在我也不去想，到时候自有分晓。
关于未来
我其实还没有具体想过，如果考研失利我该如何？我只是想着，可以在科伦先留下来，边工作边二战，但是还没有决定。实际对我而言，只要过了国家线，能调剂到一个差不多的学校，我也愿意读，我不想二战，实在太痛苦了，感觉一战已经耗尽了我的精力，所以不到万不得已，我是绝不会二战的。不过我还是很庆幸，走上了生信+AI 的这条路，这比环境科学与工程好了太多太多，并且我自己也感兴趣，所以我觉得，如果考上了，我再奋斗几年，应该还是能够做出一些事情的。
