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使用 Trim Galore 替代 Trimmomatic 进行转录组数据清洗

最初第一次使用 Trimmomatic 的时候就很头疼,代码那么长,而且那些参数都很不好懂 … 但是当时也就凑活着用了,最近读到几篇论文都用 trim Galore 来进行测序数据的清洗,于是试用了一下,确实比起 Trimmomatic 要好一些。

Trimmomatic

优势:

劣势:

Trim_galore

优势:

劣势:

总结一句话就是,Trim_galore 更方便、简单直观,适用的平台多,而 Trimmomatic 最大的好处是功能和可调用的参数多。

Trim_galore 参数

参数说明:

安装:

conda install bioconda::trim-galore

使用举例:

#!/bin/bash
for i in {73..84}
do
    trim_galore -q 25 --phred33 --stringency 3 --length 36  --paired SRR109915${i}_1.fastq.gz SRR109915${i}_2.fastq.gz --gzip -o ./clean/
done