JiaoYuan's Blog

最近在做黑麦草基因的项目,要对一个基因家族进行命名,与一些老师讨论后有了一个大致的思路。

首先第一种方法是由我自己想的,很简单,就是对基因整体进行一个排序,用 excel 表格排为一个升序列表,这样是按照基因在染色体上的位置和基因 ID 中的数字编码进行排序:

KYUSt_chr1.6353
KYUSt_chr2.2084
KYUSt_chr2.46575
KYUSt_chr2.49361
KYUSt_chr3.42373
KYUSt_chr3.48134
KYUSt_chr4.26949
KYUSt_chr5.22446
KYUSt_chr5.27891
KYUSt_chr5.34402
KYUSt_chr6.8642

根据做的基因染色体定位来看,后面的这些数字也是跟基因在染色体上的位置相关的,但也会有一些基因不是这样的。

问了一些老师,说这样似乎是可以的,在文末注明即可。

第二种方法参考的是华中农业大学的文章 Integrated Bioinformatics Analyses of PIN1, CKX, and Yield-Related Genes Reveals the Molecular Mechanisms for the Difference of Seed Number Per Pod Between Soybean and Cowpea

他们在大豆基因家族中加入了拟南芥的同源基因进行进化树分析,然后根据拟南芥所在的亚族或聚类进行命名:

这种方法就是根据模式植物进行命名,也是很常用的一种方法。

第三种方法便是根据课题组黄老师的建议来做的,做出进化树,然后根据各个基因的亲缘关系来进行命名。而本项目中也使用的是这种方法,为了方便,我用 iTOL 将进化树做成无根的叶子图,这样的话亲缘关系更加明显,也更方便于命名。