JiaoYuan's Blog

由于数据库之间的差异,使用 NCBI CDD Search 搜索结构域有时候并不能满足我们的需要,比如我们通常使用 HMMER 来鉴定同一家族的基因并且需要进行结构域可视化,但 HMMER 所使用的数据都来自 pfam,它的数据库可能与 NCBI 的不同,因此而造成结果上的差异,有的时候这种情况会影响我们后面的研究,于是,使用 hmmer 网页工具 来进行结构域分析可能会更好。

打开 hmmer 网页工具,还是一样,上传序列,写下邮件地址,然后提交

完成后会收到邮件

将邮件末尾的结构域信息保存到文本文件中

使用 TBtools 的 Visualize Pfam Domain Pattern 工具进行可视化,导入刚刚保存的结构域信息、蛋白序列(前面上传的)和基因 ID 列表,点击 start 出图即可

保存时建议保存为 svg 格式,更加清晰,也更方便二次修改。