JiaoYuan's Blog

pfam 数据库更新了,原有的下载 hmm 模型与种子文件的方法需要进行一些改变。

pfam 官网已经通知,将数据迁移到 interpro 了,所以之前下载 hmm 模型的方法已经不适应了,需要进行一些改变。

打开 interpro 网站,首页往下翻,找到 pfam

搜索结构域

进入结构域的详情页面,点击左栏的 Alignment,选择 seed 然后下载种子文件,下载后是一个压缩包,解压后是 SEED.ann 文件,与之前旧版数据库里的 PFseed_xxxx.txt 是一样的。

接着再点击左栏的 Curation,下载 hmm 模型文件。

之后的 HMMER 的使用就和之前一样,没什么变化了。