暑假快结束的时候去了一趟西安，第一次去，拍了一些照片，也看到了一些不一样的东西，在这里也见到了很久未见的老朋友，记录一下旅途。

记录我入坑生信的经历。

今天又回南湖了，感觉每次回来的感觉都不太一样，每次回来的时候心里都有一些小紧张😂

在做生信分析的时候，很多情况下都会用到 Linux 环境，而大多数人的电脑都是 Windows 环境，目前 Windows 下使用 Linux 最主流的两种方法就是服务器和虚拟机，但服务器的价格比较高，并且在文件传输等方面不太方便；虚拟机对电脑的要求比较高，并且占用也很大、启动时间长且配置较为麻烦，现如今，在 Windows 上已经有 WSL 了，使用它做生信分析极大地提高了效率，避免了很多问题。

Mega 默认导出的图片比较枯燥，并且展示的信息不够，本文讲述基因进化树的美化以及图片所展示的信息的一些处理。

使用 TBtools 制作基因表达热图实在是方便，美化起来也很简单，本文以水稻的一组基因为例，讲述基因表达数据的获取、处理并使用 TBtools 出图。

String 数据库默认的图片并不是太美观，使用 Cytoscape 软件可以对其数据进行一些简单修改并对图片进行美化。

完整的基因家族鉴定流程，包含基因家族鉴定和基因家族的性质分析、基因分析、进化分析等。

共线性分析可以用 MCScanX 软件进行分析，但是这个软件的官网已经 404 了，而且利用命令行来进行分析比较麻烦，这里建议大家使用 TBtools 上的工具，这个软件里面集成了共线性分析的相关插件，并可以进行可视化操作，分析起来很方便。

使用 HMMER 查找同源基因比 blast 更加准确，速度也更快，但使用方法很少有文章讲清楚，本文记录我使用 HMMER 的操作。