Hi-C 是一种高通量的基因组和表观基因组技术，用于捕获染色质构象。一般来说，Hi-C 被认为是一系列染色体构象捕获技术的衍生物，包括但不限于 3C（染色体构象捕获）、4C（染色体构象捕获-芯片/环状染色体构象捕获）和 5C（染色体构象捕获碳拷贝）。Hi-C 通过结合 3C 和下一代测序（NGS）方法全面检测细胞核中全基因组染色质相互作用，被认为是染色体构象捕获技术（C 技术）发展的质的飞跃，并标志着 3D 基因组学的开端。

在说 WGBS 之前，先来说说 DNA 甲基化。DNA 甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的 DNA 甲基化是指 DNA 序列上特定的碱基，在 DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以 S-腺苷甲硫氨酸（S-adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。这种 DNA 甲基化修饰可以发生在胞嘧啶的 C-5 位、腺嘌呤的 N-6 位以及鸟嘌呤的 G-7 位等位点。

之前那一篇文章主要讲的是一些知识与工具的用法，这次用六组数据进行分析，得到基因表达矩阵。

转录因子是能够特异性地与 DNA 上的顺式作用元件相互作用的蛋白质，它们对基因的转录起到激活或抑制的作用。在植物的生长发育和对逆境的应对中，转录因子扮演着关键的调控角色。转录因子结合位点是转录因子在调节基因表达时与其互作的 DNA 片段，通常位于基因的模板链上，并具有 5 到 20 个碱基对的长度。一个转录因子能够同时调控多个基因，尽管这些基因的 TFBS 在序列上保持一定的保守性，但也存在差异。

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和，包括 mRNA 和非编码 RNA，相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更准确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具，基于高通量测序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息，从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。

转眼间已经是三年过去了，想想 2021 年刚刚来大学，迫不及待地就用了 Linux，当时什么也不懂，什么也不会，可以说是四处碰壁吧，一路跌跌撞撞到现在，算是入门了！

染色质免疫沉淀-测序（Chip-sequencing，简称 Chip-seq）用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀（Chip）和高通量 DNA 测序，旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点，从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前，Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。

最近微信出新版的原生 Linux 客户端了，加上为了 aur 和 wiki，装上了 ArchLinux。

ATAC-seq，全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法。

考完试之后，家里人已经到了云南，于是我就坐了八个小时高铁去昆明与他们汇合，这一路上去了很多以前没有去过的地方，感觉还是很有意义的。