Seurat 4 与 5 共存

这两天在看单细胞测序的文章,也想着进行一波小复现(跑一下作者的代码),但是这些文章的代码是基于 Seurat v3 版本的,而现在默认用的是 v5 版本,有很多的函数是不一样的,于是搞了一个 Seuratv3 与 v5 共存。

把私生活放进 Telegram 里

其实很早就听说过 Telegram,但是一直没去用,一来是这玩意儿登录方面的问题稍多,二来是没有那个需求。最近试用了一下,实在是带给我很大的惊喜,于是将自己的一些活动都放在这里了。

历史原来很精彩

《明朝那些事儿》这部书从初中第一次看到,到现在大三,实际上我已经反反复复看了很多遍了,但是每当不知道看什么书的时候我还是会把它翻出来再看一遍,俗话说“旧书不厌百回读”,每次看完总会有一些更加深切的理解,这或许就是“熟读深思子自知”?仔细回想一下,之前看过很多书,但是这部书陪伴我的时间最长,想起初中时第一次看的懵懵懂懂,到如今有所感悟,似乎这也是成长的脚步吧。

突然发现博客已经一年多了

今天在 V2 上看到 Randy 的 帖子,好奇之余,去看了下这位大佬的 GitHub,突然发现了之前使用过的一个评论系统 cusdis,这才突然反应过来,这个博客已经是一年多了,没想到时间过的这么快,近期忙于课程与复习,都忘了这一茬了。

ATAC-Seq 分析流程

ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序(NGS)文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库通过 NGS 测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。

TBtools 完成论文复现

文章题为"Identification and expression pattern analysis of the OsSnRK2 gene family in rice"。该文章发表于 Frontiers in Plant Science(中科院二区,IF=5.6,第一作者:Tongyuan Yu,通讯作者:Dawei Xue)。

抛弃 WSL2 使用 scoop 搭建开发环境

之前一直是用 WSL2 来作为开发环境的,博客、数据分析和编程等都在 WSL2 里进行,虽然 WSL2 已经很方便,但是我仍然心里有疙瘩,因为两个原因:Hyper-V 的性能损失和无法自动释放内存/硬盘。