生物数据库导航

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核酸数据库

GenBank
NCBI维护的最大核酸序列数据库,收录了来自超过40万个物种的DNA和RNA序列。提供序列提交、检索、比对等功能,支持BLAST序列相似性搜索,并与文献数据库PubMed关联,每日与EMBL、DDBJ数据同步更新
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EMBL
欧洲核酸序列数据库,与 GenBank 和 DDBJ 共同构成国际核酸序列数据库联盟
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DDBJ
日本 DNA 数据库,提供序列提交、分析和检索服务,数据与 GenBank 和 EMBL 同步
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RNAcentral
非编码 RNA 序列的统一资源,整合了多个专业 RNA 数据库的信息
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miRBase
微小RNA序列和注释数据库,提供miRNA命名、序列和表达信息
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Rfam
RNA家族数据库,收集非编码RNA和其他结构RNA的序列信息
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tRNAdb
转运RNA数据库,提供tRNA序列、结构和修饰信息
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蛋白质数据库

UniProt
最全面的蛋白质数据库,提供序列、功能注释、结构信息和文献引用,包含 SwissProt 和 TrEMBL
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PDB
生物大分子三维结构数据库,包含蛋白质、核酸和复合物的原子坐标信息
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Pfam
蛋白质家族数据库,提供蛋白质结构域的分类和进化信息
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InterPro
整合多个蛋白质功能位点数据库,提供蛋白质家族、结构域和功能位点的分类
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AlphaFold DB
DeepMind开发的蛋白质结构预测数据库,包含多个物种的蛋白质结构预测
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SWISS-MODEL
蛋白质同源模建数据库,提供蛋白质三维结构预测服务
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基因组数据库

Ensembl
真核生物基因组浏览器,提供基因组注释、变异信息和比较基因组学分析工具
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UCSC
基因组浏览器,提供多物种基因组数据可视化和比较分析功能
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NCBI Genome
提供完整基因组序列、图谱和注释信息,包括原核生物和真核生物
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1000 Genomes
人类基因组变异图谱计划数据库,包含多个人群的基因组变异信息
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功能数据库

GO
基因本体论数据库,提供标准化的基因功能描述术语,包括分子功能、生物过程和细胞组分
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KEGG
京都基因与基因组百科全书,提供代谢通路、信号通路和疾病相关通路的注释信息
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Reactome
生物反应通路数据库,提供手工注释的代谢和信号通路信息
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STRING
蛋白质相互作用网络数据库,整合实验验证和预测的蛋白质互作信息
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表达数据库

GEO
基因表达综合数据库,收集微阵列、高通量测序等实验数据,支持表达谱分析
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ArrayExpress
功能基因组学数据存档,包含基因表达、ChIP-seq 和表观组学数据
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GTEx
人类组织特异性基因表达数据库,提供基因型和表达型关联分析
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Human Protein Atlas
人类蛋白质表达图谱,提供组织和细胞水平的蛋白质表达数据
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变异数据库

dbSNP
单核苷酸多态性数据库,收集各物种的 SNP、短插入缺失和微卫星标记信息
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ClinVar
临床相关变异数据库,提供基因变异与人类疾病的关联信息
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COSMIC
体细胞突变目录,收集与癌症相关的基因组变异信息
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gnomAD
基因组聚合数据库,提供人群水平的基因组变异频率信息
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疾病数据库

OMIM
在线人类孟德尔遗传数据库,提供人类基因与遗传疾病的关联信息
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DisGeNET
基因-疾病关联数据库,整合多个公共数据源的疾病基因组信息
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TCGA
癌症基因组图谱,提供多种癌症类型的基因组学数据
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MalaCards
人类疾病数据库,整合多个数据源的疾病相关基因、通路和药物信息
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DISEASES
疾病-基因关联数据库,基于文本挖掘和实验数据的综合分析
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GWAS Catalog
全基因组关联研究目录,收集人类疾病相关的遗传变异信息
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药物数据库

DrugBank
综合性药物信息数据库,包含药物的化学、药理和分子特性
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PubChem
化学分子数据库,提供化合物结构、活性和毒理学数据
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ChEMBL
生物活性分子数据库,收集药物样小分子的生物活性数据
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TTD
治疗靶点数据库,提供药物靶点和相应疾病的信息
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DGIdb
药物-基因相互作用数据库,整合药物基因组学信息
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表观遗传数据库

MethBank
DNA甲基化数据库,提供多个物种的DNA甲基化图谱
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ENCODE
人类基因组元件百科全书,包含表观遗传修饰和调控元件信息
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Roadmap Epigenomics
人类表观基因组图谱计划数据库,提供组织特异性表观修饰信息
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代谢组学数据库

HMDB
人类代谢组数据库,提供人体代谢物的详细信息
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MetaboLights
代谢组学实验数据库,收集代谢组学研究的原始数据
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MetaCyc
代谢通路数据库,提供实验验证的代谢通路信息
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微生物数据库

IMG
整合微生物基因组数据库,提供微生物基因组注释和分析工具
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SILVA
核糖体RNA数据库,提供原核生物和真核微生物的rRNA序列
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CARD
抗生素耐药基因数据库,收集微生物抗药性相关信息
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MBGD
微生物基因组数据库,提供细菌和古菌的比较基因组分析
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BacDive
细菌多样性数据库,提供细菌表型和生理特征信息
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VFDB
病原菌毒力因子数据库,收集致病菌的毒力基因信息
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植物数据库

TAIR
拟南芥信息资源,提供模式植物拟南芥的基因组和功能注释信息
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Gramene
禾本科植物数据库,提供水稻等作物的比较基因组学数据
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PlantGDB
植物基因组数据库,收集植物EST和基因组序列数据
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Phytozome
植物比较基因组门户,提供多个植物物种的基因组数据
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单细胞数据库

Single Cell Portal
单细胞基因组学数据门户,提供单细胞RNA测序数据分析和可视化
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Human Cell Atlas
人类细胞图谱计划数据库,收集人体各组织的单细胞转录组数据
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scRNA-seq DB
单细胞RNA测序数据库,整合公共单细胞转录组数据集
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免疫学数据库

IMGT
免疫遗传学数据库,提供免疫球蛋白和T细胞受体基因信息
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ImmPort
免疫学数据门户,收集免疫学研究相关的实验数据
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IEDB
免疫表位数据库,提供T细胞和B细胞表位信息
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VDJdb
T细胞受体数据库,收集TCR序列和抗原特异性信息
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系统发育数据库

TreeBASE
系统发育树数据库,收集已发表文献中的系统发育树数据。包含形态学和分子数据的系统发育分析结果,支持树的可视化和比较,提供系统发育研究的原始数据和分析方法,是进化生物学研究的重要资源
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TimeTree
物种分歧时间数据库,整合了发表文献中的物种分子进化时间估计。提供超过50000个物种的分歧时间信息,支持任意两个物种间分歧时间的快速查询,包含详细的时间估计方法和参考文献
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蛋白质结构预测数据库

ESMFold
Meta AI开发的蛋白质结构预测数据库,使用大规模语言模型进行蛋白质结构预测。基于ESM-2模型训练,可以直接从氨基酸序列预测蛋白质结构,预测速度快,准确度高,支持批量预测和在线可视化
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RoseTTAFold
Baker实验室开发的蛋白质结构预测服务器,结合深度学习和物理建模方法。使用三轨神经网络架构,同时考虑序列、距离和结构信息,支持复合物结构预测,提供预测结构的置信度评估
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